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新增功能介绍
一、Maestro图形界面1.使用Ligand Designer [2020-3]快速轻松地执行手动或引导导线优化·通过自动预测蛋白质-配体的复杂几何形状来“设计方式”二维白板式设计没有蛋白质的3D设计配体通过简单的蛋白质相互作用视图设计3D配体蛋白质全3D设计·叠加信息对设计至关重要查看可用于配体生长的结合袋区域查看蛋白质配体相互作用,包括冲突查看蛋白质和配体表面查看由WaterMap确定的可替换和可置换水位识别适合普通药物化学反应的配体键·引导式工作流程可加快设计速度生物甾体替代等排扫描更换或置换水位形成其他蛋白质-配体相互作用环化配体杂交配体(合并R-基团)文件中的码头配体·使用自定义的R-group库和属性过滤器为您的项目量身定制化学·通过基于属性的雷达图(MW,logP,HBA,HBD,PSA)快速评估分子的适用性。从PT添加用户属性。·发送喜爱的设计,以便通过与FEP +的相似性进行等级排序,在LiveDesign中进行后处理和发布,或者发送到Excel·窥镜全息显示器的渲染性能更快[2020-3]设定影片·调整2D叠加层的大小[2020-3]·允许在蛋白质膜界面选择残基[2020-3]·3D Builder:从序列中构建DNA和RNA链[2020-3]二、多序列查看器现代化设计,新代码,新增功能·从Maestro的主“窗口”菜单或“任务”菜单中快速访问MSV。通过直观,易于导航的界面改善了用户体验,该界面的设计类似于Maestro 11 [2020-3]支持序列比对和比较,以及用于设置比对方法和调整参数的选项[2020-3]执行成对序列比对执行多序列比对生成成对比较矩阵:根据相似性,同一性或保守性比较整个序列或选定的列·分层显示各种来源的信息,以增强对序列之间差异或相似性的解释[2020-3]引入全局注释按属性应用着色查看属性指标快速准确地注释抗体CDR环可以计算丰富的内置序列描述符,并将值显示在序列旁边的指标列中。通过这些属性可以灵活地上传用户生成的描述符和颜色序列。·同源性建模:带有复选标记的指导性逐步结构预测工作流,指示已完成的步骤[2020-3]查找同系物(BLAST)支持多种类型的模型简单模型:一个目标,一个模板嵌合模型:一个目标,多个模板批处理模型:多个目标,一个模板多链模型:同聚和异聚·在工作区中与3D结构的平滑集成[2020-3]轻松链接和取消链接序列到结构根据整个序列比对或结合位点比对比对结构一键式切换拆分和组合链表示形式按结构性质的颜色顺序将序列颜色应用于工作空间结构,反之亦然三、OPLS3e力场默认情况下使用的Schrodinger-ANI选项可加快拟合速度,可通过FFB GUI [2020-3]获得四、FEP +1.FEP +小组[2020-3]集成ForceField Builder + FEP工作流程使用QuickView循环浏览边的贴图/热点区域数据能够清除所有/选定的实验数据UX改进以显示Core SMARTS消除冗余的SMARTS模式突出显示与核心SMARTS匹配的节点GUI支持更改Lambda窗口数2.ABFEP小组[2020-3]支持多配体输入Web服务支持五、分子动力学卸下Desmond CPU [2020-3]六、混合溶剂MD(MxMD)包括与每个热点匹配的探针结构[2020-3]七、共价配体对接在优化步骤[2020-3]中应用用户定义的约束支持原子名称中包含'的附着原子(即核酸)[2020-3]八、配体对接结合使用机器学习和Glide对接测试版,将Active Learning Glide应用于数十亿个化合物的超大型图书馆的对接[2020-3]九、宏周期(可选)通过输入文件为宏环化脚本提供输入[2020-3]生成融合蛋白肽接头设计,ADC接头以及具有能力连接断开分子的融合二聚体配体(仅命令行)[2020-3]十、诱导对接IFD-MD速度提高了约5倍,而不会影响精度[2020-3]十一、药理模型简化create_hypoConsensus脚本的应用程序,该脚本现在可以读取* .phypo格式[2020-3]十二、配体对准通过允许参考配体进行搜索来改进参考配体的规格[2020-3]修复了多个错误(例如,回溯,作业启动失败)[2020-3]基于flex_align的作业生成的默认遵循者的默认数量较少,以加快计算速度[2020-3]添加工具提示[2020-3]澄清高级选项规范[2020-3]十三、枚举通过包含描述和名称来改进名称的反应搜索[2020-3]十四、化学信息学通过Canvas指纹或属性创建和应用Kohonen自组织地图-测试版[2020-3]创建并应用单独的分类和连续QSAR模型,完全控制所应用的功能和机器学习-beta [2020-3]使用kPLS,MLR,PCR,Bayes或递归分区机器学习技术创建并做出预测使用各种Canvas指纹,原子和分子描述符或用户提供的描述符来创建机器学习模型可视化来自kPLS模型预测的原子贡献自动或手动创建测试/训练集拆分十五、基于经验和基于质量管理的pKa预测允许在Jaguar pKa中进行常规和自定义的OPLS3e力场进行构象搜索[2020-3]十六、QM / MM(QSite)QSite现在支持OPLS3e力场[2020-3]十七、量子力学莫斯鲍尔光谱[2020-3]在将VCD光谱与Spectrum_align.py [2020-3]对准时,可以选择使用鲁棒峰计算在一定压力范围内的热化学性质[2020-3]环链互变异构体现在可以在AutoConf.py工作流程中生成并评分[2020-3].cosmo文件用于COSMO-RS计算[2020-3]从命令行启动的批处理计算现在可以选择输出并分组失败的子作业,以简化其进一步处理[2020-3]十八、结合位点表征通过新的激酶_conservation_analysis.py脚本执行激酶结合位点残基保守性分析[2020-3]返回独特的残基对,可优化小分子的选择性原子水平特性标注了在整个基因家族中最独特的残基对十九、蛋白质同源性建模从命令行[2020-3]支持增强对所有Prime优化作业(循环预测,侧链预测,结合位点优化等)中的最小化参数的控制二十、低温电磁使用PHENIX / OPLS3e自动进行约束权重扫描,以确定理想权重[2020-3]PHENIX / OPLS3e-改进稳定性,支持多coformer,支持编写PDB文件[2020-3]二十一、工作流程和流水线1.支持最新版本的KNIME(v4.2,但包括v4.1.3)[2020-3]2.作为LiveDesign模型节点上传[2020-3]将任何LiveReport列作为输入的通用协议可以将药理学假说添加到LiveReport中在计算模型下的指定文件夹中创建模型协议和模型可以通过python脚本上传避免KNIME版本不兼容的选项3.滑行配体对接节点中可以使用任何命令行选项[2020-3]
安装激活教程
1.在66软件下载并解压,如图所示
2.安装软件,双击setup.exe运行安装程序,选择软件安装位置
3.选择要安装的产品,点击start开始安装,安装完成,退出向导。将破解文件夹复制到安装目录中,点击替换目标中的文件,默认路径C:\Program Files\Schrodinger2023-
66软件说明:
Schrodinger Suites提供超多强大的功能模块,旨在帮助用户更好的进行药物的研究、分析和模拟、建模等操作,更轻松的进行药物的研发,软件提供准确,可靠和高性能的计算技术,以解决生命科学研究中的现实问题。它可以用于构建,编辑,运行和分析分子。允许用户构建和图形化处理简单和复杂的化学结构,应用分子力学和动力学技术评估在真空或溶液中分子的能量和几何形状,并以图形方式显示和检查建模计算的结果。
编辑点评:
朝辞与慕别:
流畅的使用体验和优异的功能似乎在无时无刻的高速用户,他则是里面强大的存在,相比于之前的版本那自然是只强不弱,令我感到放心